由于11日晚8时30分陈水扁在法院出庭一开始即向法官表示在特侦组遭法警拉扯受伤，法官准许陈水扁赴台大医院验伤，验伤后法官认为陈水扁身体状况仍可应讯，因此声押庭在今(12日)晨约一时恢复进行。合议庭于今日凌晨三时许休息十分钟后，继续由陈水扁委任律师与检察官展开攻防，程序庭于今晨5时30分左右结束，随后由三位法官投票裁决。台湾TVBS报道披露，3位法官做出激烈辩论，最后以2比1的票数，于今晨7点06分裁定收押，陈水扁将移送台北土城看守所；而陈水扁是以台湾地区卸任领导人的身分遭到收押，创下台湾首例！

　　陈水扁涉嫌贪污等重罪

　　特侦组11日传唤陈水扁到案，经六个多小时讯问后，检察官认为陈水扁涉嫌“贪污治罪条例”等罪，犯罪嫌疑重大，有串证之虞，且所犯为最轻本刑五年以上重罪，当庭将其逮捕，并于当天下午向法院声请羁押禁见。

　　特侦组于五月二十日正式分案侦办机要费案，八月中旬基于瑞士联邦检察署提供扁家海外住户等情资，并寻求司法互助；特侦组另分他案，侦办陈水扁家庭疑洗钱案，近三个月来，陆续衍生企业汇款、侵占“机密外交”款项、龙潭购地等案。

　　全案侦办至今，特侦组已于七月二十四日、八月十二日、八月十五日、九月三日四度传唤陈水扁到案，今天上午为陈水扁第五度到特侦组说明。检察官也分别于八月二十二日、二十五日侦讯陈水扁妻子吴淑珍及儿子陈致中、儿媳黄睿靓到案。检方预计本周内将陆续讯问吴淑珍等三人，不排除予强制处分。

　　除上述四人外，本案尚有吴淑珍胞兄吴景茂、友人蔡铭哲、蔡铭杰、前陈水扁办公室主任马永成、林德训、前“总统府”出纳陈镇慧、前台“内政部长”余政宪、前“国安会秘书长”邱义仁、前新竹科学园区管理局长李界木、力麒建设负责人郭铨庆、前兆丰金控董事长郑深池等十名被告。其中，除郭铨庆、郑深池、蔡铭杰外，其余八人均在押。