眼看苦读几年却拿不到学位，小杨提起诉讼。她认为，是否授予学位应由学位评定委员会决定，不应由学校和医学部决定，学校依据部门文件就不授予她学位程序违法。而且她因为更换导师造成原来的研究课题更改、中断，大部分时间也花在和学校交涉上，完成论文答辩已经不易，论文没能发表责任在学校。

小杨向市教委申诉未被受理。小杨将教委起诉，要求法院判令教委撤销不予受理决定书，同时要求撤销北大对其不予颁发博士学位的决定，重新审查，授予其学位。

在法庭上，市教委仍然坚持不予受理的观点：“根据教育法和学位条例，硕士、博士学位由国务院授权的高等学校和科学研究机构授予。学校的学位评定委员会有研究可处理授予学位的争议和其他事项。因此小杨的申诉不属于教委受案范围。”

小杨的律师提交了她完成论文答辩和在校成绩优秀的证明，认为小杨符合授予博士学位的条件，但校方立即反驳说，通过论文答辩和成绩优秀都与本案无关，学生不是完成了论文答辩就能拿到博士学位的，必须要达到学校对论文的要求。学校也提交了对博士研究生发表论文论著的相关规定，北京大学医学部表示，依据学位管理条例和学校的上述规定，不授予小杨博士学位是有依据的。小杨的律师认为，这只是校方的规定，不足为凭。截至记者发稿时，庭审仍在进行。